Mustafa s-a născut în Palatul Manisa, ca frate mai mic al lui Ahmed I (1603-1617), iar mama lor era Sultan Halime. Înainte de 1603 se obişnuia ca Sultanul Otoman să ceară execuţia fraţilor săi imediat ce urcă pe tron (tatăl lui Mustafa, Mehmed al III-lea, şi-a ucis cei 19 fraţi). Însă, atunci când Ahmed I a fost înscăunat la 13 ani, în 1603, a cruţat viaţa lui Mustafa, în vârstă de 12 ani la acea vreme.


Până la moartea fratelui său mai mare, în 1617, Mustafa a trăit în Palatul Vechi, împreună cu mama şi bunica lui, Sultan Safiye. Iar existenţa lui a constituit o premieră în istoria turcilor. Era pentru prima dată când un Sultan Otoman a fost urmat la tron de fratele său şi nu de fiul acestuia.


Mama lor, Sultan Halime, a devenit atunci mâna dreaptă a noului Sultan şi a exercitat mare putere asupra acestuia. De fapt, ea era cea conducea sultanatul, având în vedere problemele psihice cu care se contrunfa liderul otoman, Mustafa I.


Cei din jurul Sultanului erau de părere că contactul cu alţi oameni, socializarea, îi poate prinde bine liderului otoman, însă comportamentul lui Mustafa nu s-a îmbunătăţit odată ce a fost tot mai expus. Mustafa I le arunca turbanul celor cu care se întâlnea, îi trăgea de barbă, le dădea păsărilor şi peştilor de mâncare bani. „Situaţia în care se afla Sultanul era cunoscută de toată lumea, de politicieni şi populaţie, şi ştiau cu toţii că acesta avea grave probleme psihice”, a dezvăluit istoricul İbrahim Peçevi. Şi atunci ce măsuri s-au luat?